姚祝军,男，1968年7月出生，浙江定海人，中共党员。1986年舟山中学高中毕业。当年考入上海复旦大学化学系学习。毕业后即进入中科院上海有机化学研究所当研究生。1995年获理学博士学位。1995年9月至1996年9月在中科院上海有机化学研究所工作，任助理研究员。1996年9月以访问教授身份，在美国国立癌症研究所进行科研工作。1999年10月回国，在中科院上海有机化学研究所任研究员、课题组长、博士生导师，所学术委员秘书长、科研处处长，中国化学会化学生物专业委员会副主任、中国科学院上海有机化学研究所生命有机化学国家重点实验室学术委员会副主任。他还应邀担任三家著名国际学术期刊编委。同时兼任中国科学技术大学研究生院博士生导师。
姚祝军通过化学合成方法，首次确证抗癌活性天然番荔枝内酯annonacin关键区域的绝对构型并完成第一例单THF型番荔枝内酯典型骨架的合成，以及天然番荔枝内酯corossolone，(10RS)-corossolin，longimicin C首次合成；完成了具有强烈抗炎活性的海洋天然产物cyclomarinC和的首次全合成。设计并发展了一系列具有高度抗癌活性和优异选择性的番荔枝内酯结构类似物，并证明了这些类似物的作用靶点和某些类似物产生细胞间选择性的关键机理。参加并完成了抗虐活性天然产物青蒿素与亚铁离子作用的化学代谢部分产物的结构论证以及机理论证。以化学生物学研究手段设计、合成和发展了一系列高度选择性和具有强列抗乳腺癌活性的、以Grb2SH2和PTPlB为目标的小分子抑制剂，其中针对Grb2SH2的若干化合物现已进入动物实验并被证明有效。由于突出的业绩，2002年6月获得国务院特殊津贴。
姚祝军已发表学术研究论文80余篇，著有《现代有机合成化学专著》(北京科学出版社出版)等2本。还获得了中国、美国、世界专利等共8项(包括申请)。作为主要完成人共同获得中国科学院自然科学奖二等奖1项(2001年)。已培养毕业博士9人，出站博士后1人。目前在读博士研究生7人，硕士研究生6人。
姚祝军在就学和工作期间曾获得过上海市三好学生，上海市高校优秀毕业生，复旦大学Dow氏奖学金，中国科学院院长奖学金、优秀奖，上海市科协青年优秀论文奖、二等奖，明治乳业生命科学奖、优秀奖，上海市科技启明星，中国化学会“青年化学奖”，国家自然科学基金委员会“杰出青年基金”，中国化学会-BASF青年知识创新奖(2005-2006年度)等几十项奖。
姚祝军年青有为，是科技界后起之秀。他作为中国专家曾到韩国、日本、美国、意大利、香港等地区参加学术会议和考察。在国际著名的学术刊物上发表了研究论文44篇。
1999年姚祝军被中科院列入人才工程的“百人计划”。 2006年1月被中共上海有机化学研究所党委授予“先进共产党员”称号。