一、迁往上海组合联校
1939年6月23日（端午节），日军侵占定海后，舟中被迫停课。7月6日，学校校园被日军侵占，驻守了日军。之后，日寇进驻他处，离开校园，但是校园一片狼藉，操场上野草遍地。
日寇到处搜查方同源校长。方同源校长在外国友人的帮助下，乔装逃避日军搜查，由岑港渡海，从宁波、上海辗转去美国。
经刘鸿生先生安排，私立舟山初级中学迁至上海，与上海、苏南、浙西的秀州、蕙兰等十八所私立中学联办，称为上海市私立华东联合中学（1942年太平洋战争爆发后停办）。忻云英校友在回忆这段历史时，这样记写道：“1939年6月，舟山被日寇占领，我和母亲逃难到上海租界（当时叫孤岛），舟山中学也并入由一些沦陷区中学合并而成的华东联中。我初中毕业的最后一学期就在华东联中读书。出乎意料的我得了第一名，得到一个学期免缴学费的奖励。” 抗战初期，江浙大部分地区先后沦陷，所有基督教会中学纷纷关闭，失学青年前来上海租界避难。联合中学，为流亡失学青年提供继续求学机会。而舟中的师生在这样的学习生活中还是坚持抗日救国，直到太平洋战争爆发，日寇占领所有租界，学校被迫停办。在这里很有必要提到当时联中校长袁仰安先生。袁仰安(1905～1994)，定海城关人。早年在舟山中学就读初中，后毕业于东吴大学法学院。二十世纪20年代末至40年代在上海开设律师事务所，承办不少名案，并深得刘鸿生等工商界人士信任，被聘为常年法律顾问。袁仰安对贫穷人士常加以援助，热心帮助解决民事及刑事诉讼。抗日战争期间，定海沦陷，舟山中学迁上海，与其他学校合并为华东联合中学。袁仰安被聘任为校长兼舟中旅沪同学会会长。
1941年10月，舟中在沪校友举行建校二十周年庆祝大会，参加会议的除在沪校友外，还有中外来宾共百余人，大会由袁仰安校友主持，首任校长董景安、美国浸礼会代表郝培德、教师沈佩宣、周纫秋等出席了大会，会议决定出版《校庆纪念册》，同时发起“纪念母校奖学金”，筹集资金资助旅沪舟山籍青年学生求学。
二、刘鸿生为复校联络操劳
抗战胜利后，刘鸿生从重庆回到上海，成了国民党政府和美国极力拉拢的对象。他被委任为善后救济总署执行长兼上海分署署长，还要处理着繁杂的实业复兴事务。然而他没有忘记舟山中学。就开始着手舟中的复校重振工作。他曾多次跟当时的定海县县长沈溥联系，了解舟山基本情况，商议关于舟中复校之事。1946年3月4日，刘鸿生先生又致函给定海县县长沈溥商议舟中复校事宜，要求配合方同源前来勘查和拟定复校计划。其心寒如下：
云程县长先生大鉴：谨启者数奉。
华翰屡以舟山中学复校为念，足见先生关怀地方教育。无任钦感。弟对复校种种早具决心，前因人选问题，致牵悬时日，深为憾事。现方校长业经返国，行装甫卸。弟已促其早日来定，勘查校产及计拟复校计划。知关锦注用，特奉复。敬祈
垂督为幸，专此即颂
篆安！
弟 鸿生拜启
中华民国 卅五年三月四日
这一天刘鸿生也给方同源先生发函，认为方同源“主持该校有年，且新又美国考察回来，自为最适当负责办理人选”，并请他先来勘查校产，“拟具详细计划”。
但方同源当时已经有新的职任聘定，走不了。所以他致函刘鸿生由其夫人周纫秋女士来进行复校准备工作。周纫秋先生原先就是舟中的音乐教师、教务主任。三十年代的舟中校歌据说是她创作的。刘鸿生就委派周纫秋老师前勘查校产，拟定计划。
三、复校重振历艰辛
周纫秋老师虽是女性，但是为了当时舟中复校，她便不辞辛苦，乘船来到舟中。当时舟中操场上摆满了日军缴械的坦克、炮，很乱。清理校园，整修校舍，经过艰辛的努力，1946年8月，私立舟山初级中学附属小学在北门四眼井跟原址率先复校，原借该校办学的书院弄小学停办。1946年底，迁到上海的私立舟山初级中学迁回舟中原址，钟文甫为私立舟山初级中学第三任校长。做好了前期的勘查工作的的周纫秋，因方先生回国不久，家庭事务繁杂，同时复校工作告一段落，就回到上海。
1947年5月11日，私立舟山初级中学举行复校典礼。而这时候，舟中的董事长刘鸿生正好来舟山的视察舟山渔业生产状况，就参加复校典礼。真是巧事也是喜事。
1948年，周纫秋任私立舟山初级中学第四任校长。
复校以后，学校继承“博爱”精神，发扬学校原先的优良教育传统，比较注重学生的全面发展，注重阅读，各班都设有班级的小小图书馆；学校还注重师生之间的交流，要求学生跟老师通信，通过劳动奖励的邮票来通信。学校引导学生关注国家大事和思想进步，当时学校举行命题作文比赛的题目是《凄风苦雨中的中国》，获得并列第一的小学五年级学生许明龙，他就是把老师上课时讲述的国家大事和思考的内容加以融合而演绎成文的，还有一个一等奖是高一年级的，他对国家大事就多了自己的认识和思想。1948年，学校举行晚会，在两搂礼堂演出，节目很丰富，有歌舞。活报剧，有一个活报剧演出一家两兄弟，一个国军的，一个共军的，在路上相遇，双方都以枪相对，观众被紧紧吸引，演出却忽然被停止，原来是当局不高兴，悍然责令立即停演，原因是国民党反动政府发动内战，要消灭共产党，这一出反内战的活报剧，刺痛了当局，因此被禁演。但从另一方面体现了当时学校注重引导学生关注国家大事和思想进步。这是舟中优良传统的继承和发扬。